“中心”实行主任负责制，副主任分管实验教学运行、实验室管理和日常行政事务，按照“统一规划、统一管理、开放运行、资源共享”的机制进行管理。学校提供“中心”正常运转、维修及更新的经费，部分经费由科研人员的科研经费进行补充。实验课教师负责实验课的教学、组织与安排工作，“中心”管理人员负责实验室的开放、实验仪器的管理与维护、实验动物的购置、饲养管理与卫生防护工作。

“中心”实行岗位责任制，人员公开招聘、竞争上岗、严格岗位考核的管理体制，每年度对“中心”主任、副主任、实验指导教师和实验中心管理人员进行年度工作考核，及时做出调整。

学校和学院分别成立了实验教学督导组，监督实验课按教学计划和教学大纲的开展情况，并对教学过程和教学效果进行评估和监督。